Africa CDC berpusat di Pusat Penyelarasan Africa CDC di Addis Ababa, Habsyah, yang juga mengandungi Pusat Operasi Kecemasan agensi tersebut.[3][4] Agensi ini diketuai oleh Pengarah Dr. John Nkengasong dan Timbalan Pengarah Ahmed Ogwell Ouma. Selain Pejabat Eksekutifnya dan Pejabat Sains dan Program, agensi ini juga memiliki beberapa bahagian yang berurusan dengan "dasar, diplomasi kesihatan, dan komunikasi," "pengurusan dan pentadbiran," "pengawasan dan pemantauan penyakit," "sistem dan rangkaian makmal," " kesediaan dan tindak balas kecemasan, "dan" institusi dan penyelidikan kesihatan awam."[10]

Africa CDC juga mempunyai pusat kerjasama serantau di Mesir, Nigeria, Gabon, Zambia dan Kenya; yang merangkumi Afrika Utara, Afrika Barat, Afrika Tengah, Afrika Selatan, dan Afrika Timur masing-masing. [3][4][11] Africa CDC juga menjalankan Institut Pemantauan Patogen Genomik khusus dan Institut Pembangunan Tenaga Kerja.[12]